بدأ الشيخ محمد الصغير دراسته بالتعليم الاساسى بمدرسة الطليحات الابتدائية المشتركة واستمر فيها للصف الخامس الابتدائى .
ثم انتقبل بمسابقة للتعليم بالازهر الشريف بمعهد طهطا الازهرى ليكون الوحيد فى الصف الاول الاعدادى من ابناء قريته فى هذا العام .
ودرس المراحلة الإعدادية بمعهد الشيخ محمود عنبر طهطها سوهاج .
ثم المرحلة الثانوية الى ان حصل على المركز الأول فى الثانوية الازهرية .
ثم درس بكلية الدعوة الإسلامية بالقاهرة .
ليكون ضمن العشر الأوائل على كلية الدعوة الاسلامية .
كان الشيخ محمد الصغير من الأجيال الأخيرة التى درست بجامع الأزهر نفسه على بسطه وحول اعمدته .
حصل على الإجازة العالية ليسانس الدعوة الإسلامية عام 1992.